Pondok Pesantren Al Jawi Al Ilmi dikelola oleh Yayasan Al Jawi Al Ilmi dengan pengesahan dari Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia AHU-0014496.AH.01.04. Tahun 2023 pada tanggal 7 September 2023.

Sebelumnya, Pondok Pesantren berada di bawah Yayasan Pondok Pesantren Salman Al Farisi dengan pengesahan dari Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor AHU-0022071.AH.01.04.Tahun 2020 pada tanggal 19 November 2020.